A Inhaca está localizada numa zona de transição entre o clima tropical e o temperado quente. Isto faz com que ao longo do ano se distingam apenas duas estações. A estação quente e húmida de Outubro a Abril e a estação fria e seca de Maio a Setembro. A temperatura média anual é de 23°C, com valores mais altos registados em Fevereiro (37°C) e os mais baixos em Julho (12°C). A época da chuva é mais acentuada nos meses de janeiro e fevereiro. Os ventos 5 e Este são dominantes nesta região. Estes influenciam a configuração topográfica da ilha e são responsáveis ​​pela movimentação de arelas nas dunas ao longo da costa.